한농연은 "건설교통부와 농림부가 축사 등 농축산용시설에 대한 기반시설부담금 면제를 추진하고 있지만 기 납부하거나 납부 대상인 농가들에 대한 구제는 어려울 것으로 예상돼 심각한 농가 피해가 우려되고 있다" 며  농림부에 기반시설분담금 환급 및 소급조치를 강력히 요청했다.

특히 "정부의 잘못된 정책 판단에 의해 법 시행 5개월 만에 재개정이 추진되고 있는데 이를 농가들에게 전가시키는 것은 큰 문제가 아닐 수 없다" 며  이에 7월 12일 이후 고액의 기반시설부담금을 지불하고 농업용시설을 신축했거나 기 납부 대상인 농민들에 대한 즉각적인 환불 조치 등을 반영한 조항을 소급적용할 수 있도록 적극적인 대책을 강력히 요청했다.

한농연은 농림부에게 환급 및 소급적용을 이루어지지 않을 시 '실제 건설교통부가 200㎡(약 60평) 이상 신·증축 건축물을 대상으로 부담금을 부과토록 하는 이 제도의 법률 근거를 마련하는 과정에서 관련부처(건설교통부)가 의견을 구했음에도 농림부는 제대로 알지 못해 대응조차 하지 못한 점'  

더욱이 관련법이 제정돼 공포되고, 하위 법령인 시행령 및 시행규칙이 제정돼 공청회는 물론 입법예고와 국무회의 심의를 거쳤는데도 제도가 시행된 이후에야 비로소 축사가 부담금 부과 대상이라는 사실을 뒤늦게 알았다고 한 농림부 실무자들의 근무태만의 책임을 물을 것이며  

아울러 농림부의 잘못된 판단으로 인해 350만 농민이 부담해야 할 짐은 클 것으로 판단되는 바  이에 대해 농림부는 농민들이 공감할 수 있도록 적절한 처분(담당자 처벌, 별도의 대책 마련)이 있어야 할 것이라며 농림부의 입장표명을 공식 요청했다.

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