1. 최근 국세청이 종자업체들의 위탁채종에 대하여 농업소득이 아닌 도매활동의 일부로 판단하여 면세 조건에 해당되지 않는다는 이유로 막대한 세금을 징수하겠다는 방침을 내세우고 있다. 이와 관련 농림축산식품부(종자생명산업과)가 해외 위탁 채종이 종자업체의 정상적인 업무라는 공식 의견을 냈음에도 국세청이 이를 무시하고 소급 과세 방침을 굽히지 않고 있어 농업계의 우려가 커지고 있다.

2. 지금까지 농업회사법인 종자업체들은 종자생산 매출 소득에 대하여 조세특례제한법 제68조의 규정에 따라 법인세 감면을 받아왔다. 문제는 종자업체들이 “원원종(源源種)→원종(源種)→나종자(보급종) 생산”으로 이어지는 일련의 생산 과정에서 나종자(보급종) 생산을 위해 불가피하게 해외 채종(위탁생산)을 할 수밖에 없는 여건임에도 불구하고, 국세청이 유독 이 행위가 “종자 및 묘목도매업”으로 분류된다는 통계청의 유권해석을 근거로 소급 과세 방침을 고수하고 있다는 점이다.

3. 나종자의 해외 위탁생산은 종자업체의 전체 생산과정상 도급계약에 의한 ‘일의 완성’을 계약한 것이므로 민법상의 도급계약에 해당된다. 농산물의 계약재배에 의한 도매유통업이나 제조업에 있어서 해외 위탁 생산품을 매입·판매하는 도매업과는 그 성격이 완전히 다른 것이다.

4. 우리나라 종자업체의 상당수가 1998년 IMF 외환위기 때 해외 메이저업체에 인수·합병된 상태다. 이 때문에 국가 식량주권의 핵심인 종자주권이 심각하게 위협받고 있으며 농업인들은 막대한 로열티를 지급하면서 종자를 확보해야 하는 처지다. 이를 타개하고자 정부는 우량종자의 독자 개발을 위한 ‘골든시드 프로젝트’를 추진해 왔으며, 농협 또한 사업구조 개편 전략의 일환으로 국내 종자업체를 인수·운영중에 있다. 하지만 종자업체에 대한 국세청의 소급 중과세 방침은, 이러한 정부와 민간의 노력을 수포로 돌아가게 하는 심각한 부작용만 낳게 될 것이다.

5. 해외 종자업체에 막대한 로열티를 물면서 FTA로 인한 개방 피해까지 강요받고 있는 300만 농업인은 물론 열악한 국내 종자산업의 현실을 감안하여, 국세청은 종자업체에 대한 소급 중과세 방침을 즉각 철회할 것을 한농연은 강력히 촉구한다. 지속가능한 미래 생명산업으로서의 농업의 중요성과 잠재력을 십분 발휘하는 일에 적극 앞장서야 할 정부 당국이, ‘선무당 사람잡기’식 조세 정책으로 이를 훼방·좌절시키는 우를 절대로 범해서는 안된다는 점을 한농연은 분명하게 강조하는 바이다.

2016년 11월 17일

사단법인 한국농업경영인중앙연합회

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